우리나라가 부가가치세를 시행한 20년 동안 부가가치세는 단일 세목 중 세수기여도가 가장 높은 세목이었다. 그러나 우리나라의 부가가치세 세제와 행정은 이론과 외국의 제도 행정과 비교할 때 많은 문제점을 가지고 있다. 현행 부가가치세의 문제점으로는 광범위한 면세범위와 영세율 적용의 일관성 결여, 소기업에 대한 과세특례제도 및 간이과세제도의 존속과 확대 실시, 다른 나라에서는 시행하고 있지 않는 세금계산서합계표 정부제출제도, 의무위반자를 효과적으로 처벌하는 가산세제도의 미비와 효과적인 조사행정의 결여 등을 들 수 있다. 본 연구는 현행 부가가치세 세제와 행정의 문제점을 부가가치세 이론과 선진제국의 행정선례를 기준으로 도출하고 이에 대한 제도와 행정의 개선방안을 제시하는 데 그 목적이 있다. 그 개선방안으로는 첫째, 영세율 적용 및 면세범위의 절대적 최소화 둘째, 과세특례제도와 간이과세제도의 폐지 셋째, 세금계산서 서식에 대한 규제완화와 세금계산서 합계표 제출제도의 폐지 넷째, 등록 신고서식의 간소화와 우편 전산신고제도의 확충 다섯째, 조사업무의 확충과 가산세제도의 정비가 있다.