우리나라 연구개발 세액공제의 세무행정상의 문제점을 파악하고 주요 국가들의 연구개발 조세지원제도 관련 세무행정 체계 및 적격성 판정 기준 등을 국제비교 하고 우리나라의 문제점을 해소하는 데 도움이 될 것으로 판단되는 개선방안을 세무행정 측면의 대안들과 정책적 측면의 대안을 제시했다. 특히 여기서 제안된 세무행정 측면의 대안들에 대한 세무대리인 및 기업과 같은 이해관계자들의 의견을 수렴하기 위해서 설문조사를 실시했다.먼저 세무행정 개선방안은 크게 두 가지 목표로 구성된다. 첫째는 연구개발의 적격성에 대한 일관된 해석의 공유이고, 둘째는 동 제도의 오남용 예방을 위한 사전검증 노력의 강화이다. 첫 번째 목표를 위해 과세관청이 적격 연구개발에 대한 가이드라인을 제시해야 하고 납세자와의 소통채널을 다양화해서 신뢰관계를 구축해야 한다. 두 번째 목표를 위해서 본 연구는 세 가지의 세부과제를 제안했다. 먼저 기업연구소 및 전담부서 인증제도를 보완하기 위해서 인증 및 현장조사의 사무를 위임받아 수행하는 민간협회의 현장조사 과정에 해당 기업 관할 세무서 공무원이 입회하는 방안을 고려할 필요가 있다. 두 번째 세부과제로는 납세자의 책임성 강화를 위해서 자가진단 절차를 신고서식의 일부로 도입하는 방안이다. 세 번째 세부과제는 사전적으로 오남용을 예방하고 국세청의 사후검증 절차의 실효성을 제고하기 위해서 프로젝트별로 연구개발 행위의 증빙자료를 기록하고 보관하는 의무규정을 도입하는 것이다. 본 연구에서 제시된 정책대안에 대해 이해관계자들은 대체적으로 긍정적으로 평가하고 있다.