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합병관련 회계는 기업회계와 세무회계의 관계에 있어서 가장 큰 차이를 보이는 회계부문이라고 할 수 있다. 기업회계와 세무회계가 동일한 회계대상으로 하고 있는 기업활동의 경제적 실질을 정확하게 반영해야 한다는 관점에서 볼 때 양 회계를 어느 정도 일치시키는 방향으로 조정하는 것은 당연한 일이다. 그러나 합병의 경우에는 기업회계와 세무회계의 괴리가 근본적으로 클 수밖에 없다. 그 이유는 세무회계에서는 합병을 활성화하려는 목적으로 가능한 한 합병으로 인한 과세소득이 발생하지 않는 방향으로 세무회계처리를 허용하고 있기 때문이다. 이러한 한계가 합병관련 기업회계와 세무회계의 조정을 어렵게 한다. 이와 같은 배경하에 본 보고서에서는 합병관련 기업회계와 과세제도의 개선방향을 별도로 모색하고 있다. 본 보고서 제1부에서 주장하는 제안점의 가장 중요한 내용은 지분통합법의 폐지이다. 이는 미국에서 2001년 중반 공포된 회계원칙에서도 제안된 것으로 우리나라와 같이 객관적인 제3자들에 의한 합병이 아닌 특수관계자들에 의한 합병이 주를 이루는 경우 특히 남용의 소지가 많기 때문이다. 기타의 개선안으로는 매수법 사용의 경우 매수일 정의의 명료화, 취득한 무형자산의 인식기준 마련, 영업권 상각 및 평가의 구체화, 부의 영업권 회계처리 개선, 연속적인 주식 취득의 회계처리 개선, 동일 지배하에 있는 기업간의 지분교환 등에 대한 회계처리 제시 등을 제시하였다. 본 보고서 제2부에서는 현행 합병세제를 비과세 합병과 과세 합병을 구분하여 논리적으로 일관된 회계처리가 적용되도록 하는 방법을 모색하고 있다. 비과세 합병의 요건을 보다 강화하여 이를 충족하는 합병의 경우에는 경제적인 지분의 계속성을 기본적으로 바꾸지 않고 법인의 조직변경에 불과한 것으로 판단하여 지분통합법을 적용함으로써 과세를 하지 않는 방향으로 세제를 정비해야 할 것이다. 일반 합병에 대해서는 합병의 본질을 현물출자로 보고 일반적인 순자산의 일괄취득에 관한 회계처리절차인 매수법을 적용함으로써 일관되게 과세를 하는 방향으로 세제를 정비해야 할 것이다.