신용카드 사용이 보편화됨에 따라 과세당국의 세원 관리가 보다 투명하게 이루어질 수 있었으나, 한편으로 신용카드 가맹점의 수수료 부담이 점차 증가하는 문제가 발생하였다. 이에 정부는 2007년부터 영세 · 중소 가맹점의 신용카드 수수료 부담 완화를 위해 우대 수수료를 적용하고 있다. 2.0~4.5%에 달하던 신용카드 수수료율은 0.8~1.3%까지 인하되었고, 우대 수수료를 적용받는 영세 · 중소 가맹점도 2017년 8월부터는 연매출 5억원 미만까지로 그 대상이 확대되었다. 또한 2018년 7월부터는 영세 가맹점 분류 기준이 기존 연매출 2억원에서 3억원으로, 중소 가맹점 분류 기준은 기존 연매출 2억~3억원에서 3억~5억원으로 조정되어 약 46만개의 영세 · 중소 가맹점들이 추가로 혜택을 받을 것으로 예상된다.
그러나 정부의 신용카드 가맹점 수수료 인하 정책은 오프라인 가맹점에만 초점이 맞춰있어 온라인 신용카드 거래는 여전히 3.5% 수준의 높은 수수료를 부담하고 있다. 높은 인터넷 보급률과 스마트폰 기술의 발전으로 인터넷과 모바일을 통한 온라인 쇼핑이 급격하게 성장하고 있으나, 온라인 신용카드 결제 구조의 특수성으로 인해 온라인 신용카드 결제는 수수료 인하 정책의 사각지대에 놓여있는 것이다. 따라서 본 보고서에서는 온라인과 오프라인 신용카드 결제 구조를 확인하고, 양자 간 수수료 차이의 원인을 분석한 후 온라인 신용카드 수수료 인하를 위한 정책을 제안한다.